Jaca se comienza a consolidar como plaza militar desde la que defender los reinos peninsulares de una hipotética invasión francesa. A este respecto, Felipe II ordenó la construcción de varias fortalezas a lo largo de todo el Pirineo entre las que destaca la Ciudadela de Jaca. En 1705 se mantuvo fiel al rey don Felipe. Su papel de defensa se confirma en la Guerra de Sucesión, en la cual la ciudad se posiciona del lado de los Borbones. Por ello, fue asediada por aliados del archiduque Carlos y socorrida por el marqués de Salutcioa cuya vista se retiraron a un bosque, donde fueron atacados por el marqués de Santa Coloma, quien les mató mucha gente e hizo numerosos prisioneros. El rey Felipe V gratificó a la ciudad de Jaca con los títulos de «muy noble, muy leal, y muy vencedora» y añadiendo la flor de lis al escudo de sus armas que ostentaba la Cruz de Sobrarbe y las cuatro cabezas, emblema de la batalla de Alcoraz.
Es en 1077 cuando decide crear su ciudad al modo romano: cardo y decúmano, amurallamiento del recinto y traslado de su palacio desde el castro real (las Benitas) hasta una zona más céntrica (la Torre del Reloj) Pero si hay obispo, ha de haber cátedra, y se inicia la construcción de la Seo Jaquesa, poco a levante de donde se alzaba la primitiva iglesia de San Pedro "el viejo", así llamada para evitar confusiones en su nominación. El auge de la catedral supuso la desaparición del primitivo templo, del que no quedan sino vestigios arqueológicos. Una primera etapa constructiva se fija entre 1076 y 1082, comenzando por la cabecera y estando ya definida su planta basilical, de tipo rectangular, sin transepto saliente; moda que se repite en Frómista, Silos, Arlanza, Dueñas..
Observada desde el aire, la Ciudadela de Jaca presenta el rígido aspecto de un pentágono regular en cuyos cinco vértices se han insertado otros tantos baluartes perfectamente artillados. El conjunto está rodeado de foso y glacis. La ciudadela de Jaca es la única en su género que se conserva íntegra y separada de otras edificaciones en todo el mundo. La de Lieja también está casi completa, pero cuenta con otras construcciones adheridas a su alrededor. La defensa exterior presenta sucesivamente un foso, contraescarpa, camino cubierto, plazas de armas y glacis. En principio el Castillo fue construido para cerrar el acceso al Ejército francés-hugonote a lo largo del eje del Camino de Santiago que recorre el Alto Valle del río Aragón hasta Jaca. La misión de la Ciudadela era complementada por otras pequeñas fortificaciones en otros valles pirenaicos.
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