La visión frontal del templo se completa con los dos grandes y llamativos retablos gemelos de líneas cóncavo convexas organizados en banco, un cuerpo de tres calles y ático con elementos arquitectónicos y decorativos que continúan el Retablo Mayor. Están dedicados a San Esteban y San Benito. Ambos tenían acumulación de escombros tanto en la mazonería como en las tallas, con presencia de abundantes restos de cera. Junto a ello ataques xilófagos y algunas faltas en los soportes ocasionados por golpes o empleo indiscriminado de clavos en la madera. La humedad de la pared había perjudicado la parte del banco del altar con presencia de hongos, y en las policromías y carnaciones de las tallas se apreciaba ennegrecimiento y suciedad superficial. La restauración se inició con la retirada de escombros, bajándose las tallas de menor peso para tratarlas más cómodamente. Se desinsectaron con matacarcomas, se limpiaron cada una de las tallas y se arreglaron las molduras sueltas con reintegración cromática y de dorados siguiendo modelos existentes
El Centro Cultural Caja Rioja de Nájera acoge la exposición ‘El color y la piedra. Santa María La Real de Nájera: El Panteón de los Infantes se ubica en la antigua Real Capilla de la Santa Cruz que albergó durante años la parroquia de la localidad. En ella se recolocaron, tras las obras en los años 1960, catorce arcas sepulcrales rectangulares de mediados del siglo XVI procedentes del Panteón Real y correspondientes a hijos de los reyes allí enterrados. En el centro destaca uno de los mejores ejemplos de románico en La Rioja, la tapa historiada del sepulcro de Doña Blanca, mujer de Sancho el Deseado y madre de Alfonso VIII que se anteriormente se localizaba en un arcosolio de la cueva desparecido con la rehabilitación de esos mismos años
La Fundación Caja Rioja realiza una notable labor de recuperación y valoración del Patrimonio Histórico Artístico riojano como uno de sus motores de desarrollo. Una de las principales líneas de ejecución se centra en el variado patrimonio mueble; escultura, pintura, retablística... en las que el esfuerzo de los riojanos a través de su acción social y cultural actúa para recuperar su valor. El Monasterio de Santa María la Real de Nájera reúne uno de los conjuntos patrimoniales más destacados de La Rioja. Desde comienzos del siglo XX se han realizado grandes esfuerzos para rehabilitarlo. La celebración de una gran exposición ha suscitado el momento oportuno para concentrar los esfuerzos y continuar con esta labor de recuperar nuestro patrimonio.
La imagen que dio origen a todo el complejo religioso es de origen medieval en madera tallada y policromada solo por el frente. Muestra a la Virgen que sostiene sobre su falda en la parte izquierda al niño Jesús que con la derecha imparte la bendición mientras que sostiene, en la izquierda la bola.La imagen fue restaurada en 1948 por el instituto Príncipe de Viana.
Dentro del panteón reposan los restos de doce personajes reales, todos pertenecientes al reino de Nájera- Pamplona, excepto Bermudo III de León. Se trata de una obra escultórica del siglo XVI, renacentista en su totalidad, con algunos detalles platerescos. Es, por tanto, bastante posterior a la época en que vivieron los reyes, cuyos restos fueron trasladados más tarde a estas sepulturas. En el centro, a ambos lados de la entrada se encuentran los sepulcros de los reyes fundadores, Don García y su esposa Doña Estefanía de Foie. A derecha e izquierda de ambos están colocados, entre otros, los sepulcros de Sancho IV el Noble o de Peñalén, Sancho Garcés II Abarca, su esposa Doña Urraca (hija del Conde Fernán González), Doña blanca de Navarra, Bermudo III de León y sancho el sabio. Siguiendo hacia el fondo de la cueva, se encuentran, a derecha e izquierda, otros cinco sepulcros.