Existe una leyenda que relata lo que le ocurrió al rey don García un día de caza. Cuenta que el monarca lanzó su neblí tras una perdiz. Las aves desaparecieron y el rey se bajó del caballo y las siguió a pie. Tras caminar un buen rato, vio la entrada de una cueva de la que salía una gran claridad. Entró don García y advirtió la existencia de un altar iluminado por una lámpara y adornado con un jarrón de azuzenas. Sobre el altar había una imagen de la Virgen con el Niño y una campana. A ambos lados de la Virgen estaban el neblí y la perdiz. Este hecho fue el que impulsó al rey a erigir la iglesia y el monasterio en Nájera.
En el centro destaca el sepulcro románico (en realidad solo la tapa) del siglo XII de Blanca de Navarra esposa de Sancho III el Deseado. La reina Blanca de Navarra murió de sobreparto en 1134 a los dieciocho años, al dar a luz a su hijo, el futuro rey Alfonso VIII de Castilla (1158-1214). La tapa en si, tiene forma rectangular, con vertientes a dos aguas, las dos caras laterales mayores esculpidas. Las esculturas de las dos caras frontales se han perdido. Representan escenas de la vida de la reina y relatos evangelicos ejecutadas con gran expresividad y simbolismo y con una gran riqueza iconografica. Entre las escenas evangelicas podemos ver la Epifania, la matanza de los inocentes y la parabola de la virgenes necias y prudentes. En una de sus caras se esculpe la muerte de doña Blanca muy serena y bella en el lecho, mientras su alma (un niño desnudo) es elevado a los Cielos por dos ángeles. A los lados, separados por árboles, hay varios cortesanos que consuelan al rey y a la hermana de la reina. En otra de sus caras, un Pantocrator rodeado del Tretramorfos como algo excepcional en la escultura funeraria y un Conjunto Apóstolico.
En el lado de la epistola cerca de la entrada, encontramos la capilla de Santa Cruz o Panteón de los Infantes, con trece sepulturas. Se trata de miembros de las familias reales de menor importancia
- La reina Estefania de Foix con una figura orante y policromada - El rey Sancho Garces II Abarca (970-974) hijo de Garcia Sanchez III - Urraca Clara Fernandez esposa de Sancho Garces II Abarca - El rey Bermudo III de León (1028-1037) - El rey Sancho VI el Sabio (1150-1194) o el Valiente (como reza el epitafio) - Sancha Beatriz esposa de Sancho VI el Sabio
A la izquierda encontramos los sepulcros de: - El rey Garcia Sanchez III el de Nájera (1035-1054) con una figura orante y policromada - El rey Sancho IV Garcés el de Peñalen (1054-1076) (murió despeñado en Peñalen por sus hermanos) - Blanca Garcés de Navarra esposa de Sancho IV - Ramiro hijo segundo del rey Garcia Sanchez III (muerto en la batalla de Rueda) - Blanca de Navarra mujer del rey de Castilla Sancho III el Deseado (1157-1158) - Ramón hermano del rey Sancho IV Garcés el de Peñalen (a quien habia despeñado)